Microbiote intestinal : comprendre son rôle sur la santé
Le microbiote intestinal contient plusieurs milliers de milliards de « bonnes » bactéries et autres micro-organismes. Il joue un rôle important dans la santé globale. La recherche comprend de mieux en mieux comment et pourquoi l’intestin serait notre « deuxième cerveau ».

Le microbiote intestinal, c'est quoi ?
Le microbiote intestinal (ou flore intestinale) est l’ensemble des micro-organismes qui peuplent le tube digestif. Il est composé de centaines de milliers de milliards de micro-organismes principalement des bactéries mais aussi des virus, des champignons (y compris des levures) et même des parasites. Le microbiote exerce 4 fonctions principales.
- Il favorise la digestion en aidant à l’absorption des nutriments, il transforme les aliments en micro-aliments assimilables par l’organisme
- Il aide au bon fonctionnement de l’intestin
- Il agit comme une barrière contre des agents pathogènes et les toxines
- Il joue un rôle actif dans le développement du système immunitaire et la protection anti-inflammatoire.
L'intestin, notre deuxième cerveau ?
Le système nerveux de l’intestin contient plus de 100 millions de neurones et serait en terme de complexité et de fonctionnalité très semblable au cerveau.
On sait maintenant qu’il y a une vraie relation et une communication permanente entre l’intestin et le cerveau. Le cerveau régule l’activité de l’intestin et inversement. Cet axe agit notamment sur les comportements, la mémoire, l’humeur, les émotions, les envies, les perceptions.
Quels facteurs influencent le microbiote ?
Plusieurs facteurs sur lesquels on ne peut pas agir, comme la génétique, l’âge et le mode de naissance (prématuré, voie basse, césarienne) ont un impact sur la composition du microbiote.
Chacun d’entre nous possèdent un microbiote unique constitué de multiples familles de bactéries et ce, dès la naissance. Mais la composition du microbiote évolue fortement au cours de la vie. Plusieurs facteurs sur lesquels on peut agir peuvent donc intervenir dans sa composition.
- L’alimentation du nouveau-né : l’allaitement maternel ou le lait maternisé, la diversification alimentaire.
- Les modes alimentaires chez l’adulte : l’équilibre alimentaire, la consommation plus ou moins importante d’additifs alimentaires, les modes de préparations culinaires et les modes de cuisson, la consommation d’aliments ultra-transformés, les types de boissons consommées.
- Le mode de vie : les rythmes de repos, les temps de sommeil, l’hygiène environnementale, la pratique régulière d’une activité physique.
- Le niveau de stress.
- La prise de médicaments.
- Le surpoids ou l’obésité.
Comment fonctionne le microbiote intestinal ?
Les cellules bactériennes peuvent être comparées à une usine. Pour fonctionner, une usine à besoin de matières premières (prébiotiques) qui vont nourrir les bonnes bactéries de l’intestin (probiotiques) et leur permettre de fabriquer divers produits en aval (postbiotiques).
Prébiotiques Vs. postbiotiques
Les prébiotiques sont des fibres alimentaires (végétales) qui ont des effets favorables sur la santé. On les trouve dans l’alimentation : crudités, céréales, fruits, légumes.
Les postbiotiques sont essentiellement des acides gras produits par les bactéries de l’intestin grâce à la fermentation des fibres alimentaires que nous mangeons.
Le top 10 des aliments à effet prébiotique
- Artichaut
- Banane
- Ail
- Topinambour
- Poireau
- Oignon
- Salsifis
- Asperge
- Froment
- Chicorée (légume)
Pourquoi prendre soin de son microbiote intestinal ?
Un déséquilibre dans la composition et/ou dans l’activité du microbiote a une influence sur la santé. Par exemple :
- des troubles gastro-intestinaux, des perturbations du transit intestinal : diarrhée, constipation, syndrome du côlon irritable
- des maladies métaboliques : diabète de type 2, maladies cardiovasculaires...
- des impacts sur la santé mentale et cognitive : anxiété et dépression, maladie de Parkinson...
- des maladies auto-immunes et inflammatoires : maladie de Crohn, allergies…
Ce n’est pas parce qu’on établit un lien entre un déséquilibre du microbiote et certaines maladies que la cause de cette maladie est à trouver dans le microbiote. Des études montrent un « lien » entre certaines maladies auto-immunes comme la maladie de Crohn, la recto-colique-ulcéro-hémorragique, la maladie d’Alzheimer et certaines maladies cognitives comme la maladie de Parkinson, les troubles du spectre autistique et un déséquilibre du microbiote. Mais ce n’est pas nécessairement ce déséquilibre qui déclenche ces maladies. Corrélation ne veut pas automatiquement dire causalité.
Comment prendre soin de son microbiote ?
Pour un bon fonctionnement du microbiote, il faut de la diversité dans les différentes familles de bactéries mais il faut aussi de la qualité dans leur fonctionnement. L’alimentation contribue grandement à l’équilibre du microbiote.
4 conseils alimentation pour améliorer la flore intestinale
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Consommer des produits frais
Consommer des fruits et des légumes de saison, éviter les produits industriels, les plats préparés trop salés et sucrés avec de nombreux additifs.
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Préférer les poissons et viandes blanches
Favoriser les poissons (sardine, maquereau, thon, saumon, cabillaud) les fruits de mer (crabe, crevettes, moules), les viandes blanches. Limiter les viandes rouges à une à deux fois par semaine.
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Cuisiner maison
Privilégier les cuissons à la vapeur, au four et limiter le sel et les matières grasses pour la cuisson. Utiliser de l’huile d’olive.
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Privilégier le végétal
Les graines de courges, l’avoine, le tofu, les pois chiches, les lentilles…
Lorsqu’on a une activité physique régulière (130 à 150 minutes par semaine), des hormones comme la sérotonine sont libérées. Certaines cellules de l’intestin sont responsables de 90% de la production de « sérotonine » (hormone de la zen attitude ou du bonheur) de notre corps et joue au niveau du cerveau sur l’humeur, la notion de plaisir, sur les sensations de fin ou de satiété. Si l’intestin est en bonne santé, la sérotonine sera envoyée vers le cerveau.
Webinaire : Comprendre le microbiote intestinal pour agir sur sa santé
Webinaire du 25/03/2025 présenté par le Docteur Marc Étienne, gastro-entérologue à Liège.