Tout se passe (ou presque) dans nos intestins !
Ce qui se passe dans notre intestin n’influence pas que notre transit. Sous l’apparente banalité d’un ventre qui gargouille se cache un univers extraordinairement complexe, que la science commence seulement à explorer…
Publié le: 21 octobre 2026
Par: Julien Marteleur
7 min
Photo: ©AdobeStock//L'intestin apparait progressivement comme un carrefour où se croisent de nombreux mécanismes biologiques.
Le cerveau pense. Le cœur bat. Les poumons respirent. Et l'intestin ? Pendant des siècles, la médecine l'a considéré comme une simple tuyauterie, certes performante mais relativement banale. Sa mission paraissait simple : digérer les aliments, absorber les nutriments et éliminer les déchets. Et pourtant ! Derrière les huit mètres de tube digestif — pas très sexy, convenons-en — qui serpentent dans notre abdomen se cache un univers d’une complexité insoupçonnée, architecte de notre santé depuis la naissance. Notre intestin serait-il la star cachée de notre organisme ?
Tour de Babel
La célébrité de l’intestin est assez récente et coïncide avec les progrès du séquençage génétique, qui permet de déterminer la composition de notre ADN. Depuis une vingtaine d’années, la technique permet également d’explorer avec précision les milliards de micro-organismes qui vivent dans notre tube digestif. Cette communauté constituée de bactéries, de levures, de virus et de champignons porte un nom : le microbiote intestinal. "À lui seul, ce microbiote représente plus de 100.000 milliards de micro-organismes provenant de 400 espèces différentes. Une véritable Tour de Babel, nichée au cœur du corps humain", explique Nathalie Delzenne, professeure en sciences biomédicales à l’UCLouvain et spécialiste du microbiote. Rapidement, les chercheurs découvrent que ces habitants invisibles n’occupent pas notre intestin par hasard. Ils participent activement à notre fonctionnement biologique et entretiennent un dialogue permanent avec notre organisme, et même une relation privilégiée avec notre cerveau L’importance de ces découvertes est telle que la communauté scientifique parle désormais du microbiote comme d’un "organe microbien" ou encore d'un "deuxième cerveau". Depuis, les publications se multiplient : obésité, diabète, maladies inflammatoires, santé mentale, cancers… L'intestin apparait progressivement comme un carrefour où se croisent de nombreux mécanismes biologiques.
Tout commence à la naissance
L’une des découvertes les plus marquantes concerne les premières années de vie. Le microbiote se construit progressivement dès la naissance, puis continue à évoluer sous l’influence de notre environnement. "Cet écosystème impressionnant grandit avec nous et serait dépendant à la fois de facteurs génétiques et environnementaux, notamment la nutrition", souligne Nathalie Delzenne.
Les premiers microbes proviennent essentiellement de la mère et de l’environnement proche. "Quand l’enfant vient au monde, son microbiote intestinal va d’abord être colonisé par les bactéries vaginales et fécales de la mère, si l’accouchement se fait par voie basse, ou par le microbiote de l’hôpital dans le cas d’une césarienne." Cette première rencontre avec le monde microbien constitue une étape essentielle du développement. "Au départ, ce microbiote est très peu peuplé. On n’y retrouve que quelques espèces qui vont jouer le rôle d’éducatrices du système immunitaire du bébé", précise la chercheuse.
L’alimentation prend ensuite le relais. Le lait maternel contient non seulement des nutriments destinés au nourrisson, mais aussi des composés qui nourrissent certaines bactéries bénéfiques. Au fil des mois, le microbiote s’enrichit, se diversifie et se stabilise. Cette période des deux premières années de vie est décisive car elle correspond aussi au développement de l'immunité. L’intestin joue en effet un rôle d’apprentissage. Les cellules immunitaires présentes dans la paroi intestinale doivent apprendre à distinguer les microbes inoffensifs des véritables menaces. Les bactéries qui composent le microbiote participent à cette éducation.
À mesure que l'intestin gagne en notoriété, les rayons des pharmacies et des supermarchés se remplissent de produits promettant d’en prendre soin.
L'immunité : une empreinte biologique
Cette relation entre l’hôte et les microbes se poursuivra durant toute la vie. Chacun d'entre nous va développer ainsi un microbiote qui lui est propre, comparable à une empreinte biologique. "Cette singularité explique pourquoi deux personnes ne réagissent pas toujours de la même manière à un aliment, à un médicament ou à une maladie", révèle la Pr Nathalie Delzenne. Car l’intestin constitue aussi l’une des principales interfaces entre notre organisme et le monde extérieur.
Chaque jour, des milliards de substances traversent le tube digestif : bactéries, virus, nutriments, molécules chimiques. Pour éviter que cet afflux permanent ne provoque infections et inflammations, le microbiote joue le rôle d’un système de surveillance particulièrement sophistiqué. "Les bactéries intestinales vivent en symbiose, interviennent dans le métabolisme des aliments et dans la défense naturelle contre les infections", rappelle la chercheuse. Certaines espèces empêchent les microbes pathogènes de s’installer en occupant le terrain. D’autres participent à la dégradation de substances que notre organisme ne pourrait pas traiter seul. D’autres encore produisent des métabolites qui influencent directement le fonctionnement des cellules immunitaires…
Le grand appauvrissement
Si l'intestin — et par extension son microbiote — est si important, que se passe-t-il lorsqu’il perd sa diversité ? Cette situation porte un nom : la dysbiose. Certaines bactéries deviennent moins nombreuses tandis que d’autres prennent davantage de place. La diversité microbienne diminue et l’équilibre général se fragilise. Les causes sont multiples : alimentation pauvre en fibres, stress chronique, infections, sédentarité, consommation excessive d’aliments ultra-transformés ou encore utilisation répétée d’antibiotiques…
"Cette question préoccupe particulièrement les chercheurs car les sociétés occidentales semblent connaître un appauvrissement progressif de leur biodiversité microbienne", s'inquiète le microbiologiste Jeroen Raes (KULeuven). Et lorsque cette diversité s’effondre, les phénomènes inflammatoires se multiplient. "Certaines pathologies, comme la maladie de Parkinson, sont désormais directement corrélées à la dysbiose : l'inflammation influencerait en effet l'accumulation anormale de la protéine alpha-synucléine dans le cerveau, responsable de cette maladie."
Intestin(s) : au singulier ou au pluriel ?
Les deux orthographes sont correctes : on utilise l'intestin (au singulier) pour désigner l'organe dans son ensemble, et les intestins (au pluriel, donc) dans le langage courant ou pour parler de ses différentes parties.
● L'intestin grêle (ou petit intestin) : il peut mesurer jusqu'à 7 mètres de long et est divisé en trois segments distincts, aux noms poétiques : le duodénum, le jéjunum et l'iléon. C'est dans l'intestin grêle que se produit l'essentiel de l'absorption des nutriments (sucres, protéines, graisses, vitamines…), grâce aux villosités — sortes de minuscules poils qui tapissent la surface interne de l'organe.
● Le gros intestin (ou côlon) : il mesure environ 1,5 à 2 mètres de long. Ses rôles : absorber l'excédent d'eau dans le corps et transformer les résidus liquides en selles solides. C'est donc lui qui fait le "sale" boulot ! Mais c'est aussi notre côlon qui abrite notre si précieux microbiote intestinal…
Lorsque la diversité du microbiote s’effondre, les phénomènes inflammatoires se multiplient...
Nourrir son intestin
Peut-on agir sur son microbiote ? Oui, mais probablement de façon moins spectaculaire qu'on ne le pense. Il s'agit avant tout de "bien" s'alimenter. "Pour notre intestin, la qualité des nutriments que nous ingérons est bien plus importante que tout le reste, résume la Pr Nathalie Delzenne. Pendant longtemps, les recommandations alimentaires se sont concentrées sur les calories, les protéines, les graisses ou les glucides. Aujourd’hui, la question est plus large : comment nourrir aussi les microbes qui vivent en nous ?"
Les probiotiques et les prébiotiques suscitent également un intérêt croissant. Les premiers sont des micro-organismes vivants administrés dans l’espoir d’apporter un bénéfice à la santé. On les retrouve dans certains compléments alimentaires mais aussi dans des aliments fermentés comme les yaourts, le kéfir ou le kombucha. Les seconds reposent sur une logique différente : ils ne consistent pas à ajouter de nouvelles bactéries mais à nourrir celles qui sont déjà présentes.
Un charme plus si discret
À mesure que l'intestin gagne en notoriété, les rayons des pharmacies et des supermarchés se remplissent de produits promettant d’en prendre soin. Les scientifiques, eux, préfèrent avancer avec prudence quant à leur usage. Les mécanismes sont complexes et beaucoup de questions restent sans réponse.
Une chose est toutefois certaine : l’intestin n’est plus l’organe au "charme discret" que l’on imaginait. Il se place désormais comme un acteur central de notre santé, noyau d'un écosystème dynamique qui dialogue avec l’ensemble du corps.
